Metadata Kesehatan merupakan salah satu platform dalam SATU SEHAT yang menyediakan informasi terkait kesehatan dalam bentuk struktur dan format yang baku untuk menggambarkan data, menjelaskan data, serta memudahkan pencarian, penggunaan, dan pengelolaan informasi data. Metadata kesehatan dalam SATUSEHAT Metadata telah merujuk pada Peraturan BPS No. 5 Tahun 2020 Tentang Pedoman Teknis Metadata Statistik dengan beberapa penyesuaian. Pengambangan metadata statistik kesehatan  meliputi variabel, indikator, dan metadata kegiatan. Variabel di dalam SATUSEHAT Metadata dapat menjadi standar pemetaan dengan referensi sistem kesehatan lainnya, seperti SNOMED-CT