Sistem pembelajaran daring atau blended learning diterapkan dengan menggunakan Learning Management System (LMS) untuk interaksi dosen, mahasiswa dan tenaga kependidikan. LMS yang digunakan meliputi: Open for Knowledge Sharing (eLOK) dan Gadjah Mada Medical e-Learning (Gamel) yang sudah berjalan lebih dari 10 tahun. eLOK dan Gamel merupakan platform moodle yang akan memfasilitasi pengunggahan referensi dan materi pembelajaran, dokumentasi perkuliahan sinkronus, forum diskusi secara asinkronus, penyampaian kuis dan penugasan, penilaian serta evaluasi pembelajaran daring. Platform ini juga digunakan untuk monitoring progres tesis mahasiswa sehingga dapat lebih terpantau dan terdokumentasi.